廣大興28號漁船的台菲司法合作調查一波三折，
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，相較七年前發生的滿春億漁船遭槍擊案，
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，當年菲雖主張司法管轄權，
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，但台菲還是「合作調查」完成了偵訊和鑑識工作。不過，
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，調查結果卻是平行、沒有交集，
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，我方依殺人罪將兩水警起訴，
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，菲卻認為我漁船侵入領海，
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，兩人是依法執行公務，未加以追訴。
當年滿春億漁船案的我方七人調查小組成員，包括台東地檢署檢察官馬培基、王全中與書記官，另刑事局鑑識中心主任程曉桂、測謊專家林故廷和鑑識科蕭宇廷及海巡署官員等。
他們飛到馬尼拉時，由我駐菲外交官員帶領與菲警政、司法、國家調查局高層交換意見。由於事發地點及涉殺人的水警在巴丹省警局，一行人隔天即轉到巴丹島，基於尊重菲司法權，我調查人員把要詢問的問題透過菲國調局人員訊問，並將凶槍朝泳池內試射，攜回彈頭返台比對鑑驗。
此外，林故廷則和國調局人員溝通，使用我方帶去的測謊器，由林摸擬提出了十多個問題請國調局人員詢問，林在旁觀察示意，順利完成測謊，並將報告交給菲方。
林故廷運用區域比對法和緊張高點法測謊，兩名水警坦承開槍，但強調是依法執行職務，但一再強調沒有登船，不知對方死亡的部分，卻顯示說謊。
林故廷另對當時漁船上的我方人員測謊，證明水警有登船，還拿走漁貨。
我國檢方認定水警涉嫌殺人並予起訴，因二人未到案，由我方法院通緝，而菲方則認為水警是依法執行公務，未加追訴。所以，雖然表面上是一次成功的合作調查，但最後雙方的認知卻是南轅北轍。，