洪仲丘案引爆軍方內鬥白熱化，
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，馬英九總統表示，
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，陸軍司令李翔宙申退第一時間，
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，國防部長嚴明立即慰留，
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，他完全支持；軍方內鬥是「很多不正確的消息在傳播」。此外，
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，對於軍方移監後要不要設軍事專庭，
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，他回國後會聽取相關簡報。
李翔宙申退引來嚴明冷言回應「很好啊」，
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，馬英九說，
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，並未聽過這樣的事情。嚴明很認真慰留李翔宙，
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，慰留之後他也立刻打電話給嚴明，完全支持嚴明的決定。
洪案發生後軍中士氣低落，馬英九表示，他確實從媒體報章看到相關說，他在出國前曾表示，國軍的貢獻不容抹煞，國軍的尊嚴不容踐踏；出國前一天他也特別視察澎湖，向澎湖指揮官問到此事，他回報內部未出現外界所說的軍心不穩。
馬英九說，他了解大家一定因洪案而有挫折感，希望各部隊的部隊長盡可能說明清楚。嚴明及參謀總長高廣圻也分別視察各部隊，向部隊做出說明。他看到有些軍人或軍眷發出不平之鳴，他們的意見表達，以現在台灣的情況也可以接受，不必因這些話而有過度反應。，