立法院長王金平一句「我也不了解《兩岸服貿協議》簽署的內容」，
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，引起行政部門與國會之間的緊張關係。據了解，
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，陸委會主委王郁琦日前已致電表達歉意，
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，並盼下周盡速向王金平作專案報告，
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，此外，
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，朝野黨團也達成共識，
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，協議將逐條審查、表決，最後再全案表決。
稍早，王郁琦解釋送立院審查程序，表示協議將「逐條審查，全案表決」，惟此語引發王郁琦對立法部門下指導棋，行政單位不尊重立法院權的抨擊，對此，行政院27日改口，同意尊重立法院審查程序，王郁琦也希望下周就能當面解釋清楚，以緩解行政與立法部門的齟齬。
由「備查」改「審查」
行政院會27日通過將《兩岸服貿協議》送至立法院備查，預料在朝野黨團共識下，協議將由「備查」改「審查」。王金平隨後證實，立法院已有決議及共同見解，將依決議審查這項協議。
國民黨政策會執行長林鴻池受訪指出，協議將逐條審查、表決，最後再全案表決，這是立院最後的決議，審查通過前，不會通知對岸啟動生效。但他也說，立院若修改協議文字，等於是退回，需重啟談判，朝野應了解其嚴重性。
民進黨立院黨團總召柯建銘則堅持，立院實質審查協議內容，當然可修改文字，就算是條約案，立院過去也曾修改過，黨團會有所堅持，不會輕易妥協。他強調，立委不是橡皮圖章，國外政府要與外國談判，需先取得國會授權，才會照單全收，但《兩岸服貿協議》談判，立院從頭到尾不知道。
條文應不致被改
針對立院決議逐條審查協議內容，王郁琦27日在陸委會記者會表示，若立院決定審查，行政機關會尊重立法院決議；被問到協議若遭到刪改時，王郁琦未正面回應，只強調現在臆測未來審查的可能結果，並不恰當。
海基會副董事長高孔廉日前也警告，一旦協議修改，等同協議無效。相關官員分析，以國民黨在立法院的多數決，應不致出現條文被改意外。
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