針對成大電機系張順志教授投書，
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，指稱行政院明年科技預算提撥100億元推動旗艦計畫，
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，齊頭式縮減所有部會、項目預算等內容，
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，行政院對此澄清指出，
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，許多部會的明年度科技預算仍較今年成長，
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，且為重點投入五大創新產業旗艦計畫，
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，並非齊頭式縮減各部會或項目預算。行政院指出，
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，106年度科技預算經由學者專家審議建議經費後，
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，僅科技部、經濟部、衛福部、農委會及中研院等五大科技預算機關進行二次經費刪減，
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，並由部會依業務需要及計畫屬性自行調整計畫間的經費分配，但以不高於學者專家建議的計畫經費為原則。行政院表示，2017年編列約100億元推動創新產業旗艦計畫，主要為落實整體創新產業政策的推動願景及策略，以創新、就業與分配原則，引導台灣新經濟方向與發展模式，重點推動綠能、國防資安、智慧機械、生技醫藥、新農業、高值材料循環專區，及數位、文化經濟等其他具發展潛力的產業領域，相關前瞻科技基礎研究也是旗艦計畫的推動主軸之一。行政院指出，旗艦計畫將競爭型機制，以由上而下、產業應用價值導向、重視跨部會與跨領域結合，及鼓勵民間參與等原則推動。部會可依據計畫推動目標研提優質計畫，獲補助後可進一步擴大科技預算規模，達成良性競爭效果，符合民眾對政府科技預算執行效益的期待。(時報資訊)，