黃世銘以憲法第44條做為進官邸向總統報告的正當依據，
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，但檢方在起訴書中卻指出，
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，該案迄今皆不見總統有何為此邀集立法院及行政院共同協商作為，
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，顯然本案沒有所謂權限爭議或憲政危機，
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，國家也沒有陷於立即危險的情形，
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，反批黃求見總統報告的作法是陷總統於不義。
若成慣例將毀公信
檢方嚴詞批評檢察界大家長，
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，指黃的作法成為檢方慣例，
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，檢方辦案隨時可將偵辦中案件是「行政不法」為由，對外大放厥詞，前往官邸面報總統。如此一來，將使糾舉與行政合而為一，恐衍生專制復辟，戕害民主法治，檢察體系也毫無規矩、公信可言。
檢方指出，憲法中該條文是指在權力分立原則下，如憲政機關互有爭執，始由總統出面協商；但關說案屬個人事項，並非憲法所定憲政機關之間的爭議，並不需要總統出面協商。
總統不應動輒出面
檢方表示，黃世銘在案件未終結前，以涉案人「層級太高」為由，急於向總統報告。若此例一開，日後檢察官辦理「層級太高」案件時，亦可在偵結前逕自認定係「行政不法」而非刑事案件，大放厥詞，並前往官邸面報總統。
縱使黃世銘認定王金平等人涉行政不法，應依程序函知國會及監察處理即可，豈有動輒由總統出面處理之理。而且本案權責機關是行政院，而非總統個人。
主動求見破壞中立
檢察總長指揮特偵組辦案，更應獨立行使檢察權職，保持中立，不容許破壞獨立性，黃憑一己之認定主動求見，面報總統，告知本案若干偵辦情節及偵辦方向。雖總統僅表示「尊重」，並未為具體指示或有何認定，但黃的作法已陷國家元首於不義，恐使人民產生元首干預司法之錯認。
檢方認為，依據憲法44條及公務員服務法規定，無法推衍出檢察總長應向總統個人報告，始符合公務員忠誠義務之理，黃世銘的說法沒有理由。，