洪仲丘案愈演愈烈，
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，民間提出了一個問題：本案之偵查，
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，可否交由第三方為之？
此話何所指？第三方何所指？第三方顯然指的是軍方與被害人家屬以外的第三方，
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，言下之意，
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，此問是將正在辦理偵查的軍事檢察機關與涉案人員看成一體；此語也就傳遞了一個嚴重的訊息：民間普遍並不相信軍事檢察機關辦案的能力與公正性。因為民間既不相信軍事檢察官有能力不計萬難地發現事實真相，
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，偵查案情走到哪裡就能辦到哪裡，
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，還給社會公平正義；也不相信軍事檢察官願意或敢於該怎樣辦就怎麼辦，
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，為了個案的公平正義，追究體系之中所有應該受到制裁者的刑事責任。
對照觀察軍事檢察機關發言人在媒體面前的發言，不單可以不遵守偵查不公開原則，對於還沒有調查清楚的問題大放厥詞，而且說明的方向是為軍方「控制損害、卸除責任」的心思多，關心「真實發現，揭開軍營之中共犯結構徹底追究責任」的決心少。換句話說，軍方人員一直顯示的是官官相護的惡習不改，所以不但不能贏得社會與家屬的信賴，反而加深了難以藉由司法程序而使真相大白的疑慮！這才會有要求第三方介入偵查的普遍呼籲出現。
那本案可不可以由第三方介入呢？民間的期盼，其實是由法務部的檢察系統介入全案，而非由國防部的軍事檢察機關來偵辦軍方人員。現在一方面涉及軍人觸犯《陸海空軍刑法》的罪名，固然應屬軍事審判權管轄的範圍，但也因案情發展又有涉及普通刑法的部分，也已由法務部系統的檢察官負責偵查。但是，此中呈現的情形，比較像是兩方各辦各的部分，難釋民間對於軍事檢察機關公正性的疑慮。
如果要能建立本案偵查程序的公信力，曾經公開宣示本案「我們管定了」的馬總統，就應該以三軍統帥的身分，指示國防部主動促使軍事檢察機關請求法務部或檢察總長同意接受委託，全面接管本案全部偵查工作，以求統一事權，並且讓本案進入正常的偵查程序，重建民間對於政府追求刑事正義的信心。
話說回來，此事雖不常見，但是依照現行法制，難道沒有可能改由特偵組接辦嗎？本案案發以來社會關切有增無減，乃至上萬民眾走向街頭，連總統都要說出「管定了」的重話，但誰也知道，總統既不能取代司法審判，又不可能自行偵查或是親自指揮偵查，而軍方系統在本案中的公信力不足，除了指示軍方委託特偵組或是法務部全面接辦此案，又能「管定了」什麼呢？
憲法解釋早已建立了國家司法審判權一體適用憲法關於司法權規定的基本觀念，檢察權自然也是一樣。若是說得更透徹一些，將軍事審判看成是司法審判系統的派出機關，將軍事檢察看做是法務檢察系統的派出機關，而不是三軍統帥的禁臠，才是正辦。無論如何，由軍事檢察機關委託特偵組檢察官接辦此案，現行法制上完全沒有障礙。其實，依照《法院組織法》的規定，特偵組對於特殊危害社會秩序而經檢察總長指定之案件，本有主動辦理之權力，重大刑事犯罪足以危害社會秩序者，應無軍民身分的分別，本案中顯然涉及公職人員利用體制共犯結構濫用權力、動用私刑致人於死，事後又涉及共同偽造公文書，若不認為危害社會秩序重大，難道特偵組是專門用來對付平民百姓而非用以節制公務機關集體犯罪的設計？我們決不以為如此。
我們也不相信，特偵組會是推諉怕事而不敢得罪軍方人員的單位。特偵組的檢察官們嫉惡如仇，看到一個無辜的役男，在即將退伍的前夕，可能只因得罪長官而被關入禁閉室疑遭凌虐慘死，事後又以各種方法掩飾罪行，對於如此駭人聽聞的濫權殺人的一干軍職人員，想必有鐵面無私、必求還原事實真相的決心，並以追究個案正義公道為己任，不會推辭軍事檢察機關的委託請求。
如果軍方願意坦然將此案委由檢方接辦，如果檢方又能基於此案與江國慶的慘痛教訓，展現不惜揭開現有軍事體制中黑暗之處，也要追求個案正義的決心，一方面向被害家屬有個交代，另一方面則供有關部門全盤檢討軍中所以草菅人命事例層出不窮的體制原因與改善之道，或許才能真正挽回國軍因為此案而失去的社會信心！，